Jmol, Java e as Estruturas Moleculares Interativas


AVISO!
Devido à nova política do Java que será implementada em breve (na qual eles bloquearão qualquer applet que não tenha assinatura devido a riscos de segurança) decidi não colocar as estruturas interativas nas postagens aqui do site. Primeiro, para não assustar os usuários menos experientes. Segundo, para não desfigurar os artigos que eu postaria, por exemplo, agora. Pois quando o Java lançar sua nova atualização com a nova política o artigo ficaria cheio de erros.

Então, até eu achar alguma forma de assinar este aplicativo, ele não será utilizado. É um processo bem complexo que me fez perder quase 1 dia inteiro em tentativas. Até o Jmol embutido no ChemSpider - na sua opção de visualização em 3D - não possui assinatura.

O que é o Jmol?
Logo do Jmol e visualização de uma
estrutura química no programa.
Jmol é um programa visualizador de estruturas químicas em três dimensões. É muito utilizado, por exemplo, no ChemSpider, em suas visualizações em 3D. O Jmol é amplamente utilizado como uma ferramenta de ensino e de pesquisa em química e bioquímica. É um software livre, aberto e escrito em Java.

A característica mais notável do Jmol é o seu applet que pode ser integrado em páginas da Web para exibir as moléculas em uma grande variedade de maneiras. Por exemplo, as moléculas podem ser exibidas como modelos de "bastão e bola", por enchimento, por fita e etc.

O Jmol suporta uma ampla gama de formatos de arquivos moleculares, incluindo o formato Protein Data Bank (PDB), Crystallographic Information File (CIF), MDL Molfile (mol), e Chemical Markup Language (CML).

O Jmol applet, entre outros recursos, oferece uma alternativa para o plug-in Chime, que não se encontra mais em desenvolvimento. O Chime requer um plug-in de instalação e os seguintes navegadores: Internet Explorer 6.0 ou Firefox 2.0 no Microsoft Windows, ou OS 9/Netscape Communicator 4,8 no Macintosh. Já o Jmol necessita de instalação Java e opera em uma ampla variedade de plataformas. Por exemplo, Jmol é totalmente funcional no Mozilla Firefox, Internet Explorer, Opera e Google Chrome no Microsoft Windows, no Mozilla Firefox em Linux, e no Safari no Mac OS X.

Opções do Jmol Applet.
Implantação do Jmol Applet no Química Suprema e seus controles:
Depois de longas horas tentando compreender esse sistema de incorporação do Jmol em páginas da web, eu, Lucas Oliveira, finalmente consegui entender seu funcionamento. E portanto, em alguns artigos da página, teremos uma janela deste programa com uma bela estrutura. Essa estrutura é totalmente interativa, ou seja, você pode girar a molécula pro lado que quiser e também pode utilizar os comandos (figura ao lado) que aparecem quando você clica com o botão direito do mouse na janela do applet.

O que preciso para o Jmol rodar no meu browser?
Você só vai precisar instalar o Java. O download do instalador se encontra aqui.

É necessária a autorização para o funcionamento do plugin do Java!
Assim que você entrar em uma página com uma "janela" do Jmol Applet, o Java pedirá autorização pra rodar. Se você estiver usando o Google Chrome, esse pedido aparecerá com duas opções: "Executar desta vez" e "Executar sempre neste site". Selecione o que quiser e em seguida, uma janela como a de baixo deve aparecer:
Clique aqui e veja a imagem em tamanho original.
Você precisa marcar a caixa onde diz: "Eu aceito o risco e desejo executar esta aplicação" e clicar em "Executar". Feito isso, a janela do Jmol vai passar pelos estágios abaixo:

Primeira imagem: carregando o java. Segunda imagem: aparecimento do logo. Terceira imagem: aparecimento da estrutura.
Estou tendo problemas, o que eu faço?
O único problema que você pode ter é não conseguir visualizar as estruturas aqui no blog. Portanto, alguns links que podem ajudar estão disponibilizados abaixo:
Caso você não consiga solucionar seu problema, mande-nos um e-mail pedindo ajuda (com prints dos erros e explicações). Você também pode nos mandar um e-mail caso tenha tido um problema específico e conseguiu solucionar. Se esse foi seu caso, mande-nos sua solução e iremos complementar esta página com o tutorial do seu problema, com seu crédito é claro. O e-mail é contato@quimicasuprema.com ou quimicasuprema@gmail.com.

Clique aqui e veja uma demonstração do Applet em uma página separada.

 
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